日本電子・JEM3000EFC

液体ヘリウム温度（-269℃)で電子線照射による試料ダメージを最小限に抑えて、高分解能で微細構造を観察できるクライオ電子顕微鏡システム。搭載されたエネルギーフィルターは、非晶質凍結された含水性試料の観察において非常に有効に機能する。

日立製作所I・EF-2000

電子分光装置、cold-FEG、凍結試料の観察装置およびCCDカメラを搭載。

日本電子I・JEM2100

CMOSカメラを搭載する、連続傾斜撮影可能な凍結試料の観察装置。

FEI G2I・Spirit

CMOSカメラを搭載する、連続傾斜撮影可能な凍結試料の観察装置。

GPGPU型計算機サーバー5機

Deep Learning Box等に使用可能。

電子顕微鏡画像処理ソフトウェア一式（自作）

電子顕微鏡に関する全般的な画像処理が可能。オープンソースとして国内外で利用可能。迅速なプログラム開発のための環境を含んでおり、当該研究機関で開発を継続中。支援内容に応じて、新たな機能を追加可能。

日本電子I・JEM2100F

Gatan Orius CCDカメラ搭載およびGatan・クライオ試料ホルダーを搭載し、STEM機能を用いて厚い試料のトモグラフィー解析を可能にする電子顕微鏡。

日本電子I・JEM2100F

クライオ試料ホルダー(Gatan 612)を搭載し、高分解能構造解析に適した試料を効率よくスクリーニングするための汎用型クライオ電子顕微鏡。

日本電子I・JEM2200FS

クライオ試料ホルダー(Gatan914)を搭載し、独自開発の電顕用ゼルニケ位相板により無染色の氷包埋試料に十分なコントラストをつけることが可能。

日本電子I・JEM2200FS

Gatan・クライオ試料ホルダー、DE20電子直接検出カメラを搭載し、独自の位相板を用いることで無染色試料に像コントラストを高めることができる電子顕微鏡。

日本電子I・EM2100F

Gatan・クライオ試料ホルダー、K２Summit電子直接検出カメラを搭載し、電子カウンティング可能なカメラで高分解能クライオ電顕画像を撮影できる電子顕微鏡。