上野 直人・太田 裕作

上野 直人UENO NAOTO

基礎生物学研究所 超階層生物学センター・特任教授

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上野 直人 UENO NAOTO

太田 裕作OHTA YUSAKU

基礎生物学研究所 分野横断研究ユニット・特任助教

太田 裕作 OHTA YUSAKU

 

主に生命科学系研究者を対象とし、生物画像からの情報の抽出・解析・可視化等を支援します。支援担当者はライトシート・共焦点・ワイドフィールドといったさまざま蛍光顕微鏡を駆使して細胞の運動や動態を画像解析によって定量的に評価する研究を展開しています。このバックグランドをもとに本支援班では、生物研究の基礎的な定量解析(例:2種類の分子の局在の定量、細胞数のカウント、細胞小器官の面積の定量)の支援をおこないます。また、深層学習を利用した2D, 3D画像の細胞トラッキング解析や動物の姿勢推定・行動解析といった古典的な画像解析では困難であった課題解決にも取り組みます。

 

細胞性粘菌のcAMP濃度及びその解析によって得られた細胞内動態のビジュアル化

蛍光指示薬によって得られた細胞動態の時空間変化の詳細な定量化やその解析によって得られた細胞内動態・解析結果のビジュアル化を支援します。

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2分子間の共局在の定量

タンパク質・DNAなどの分子の蛍光画像から分子間の空間分布・共局在性を定量的に評価することを支援します。

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細胞性粘菌の2D細胞トラッキング

細胞の長時間の移動軌跡をトラッキングし、細胞運動の定量化を支援します。

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ゼブラフィッシュ初期胚の3D細胞トラッキング

1000個を超える細胞集団の3D移動軌跡を個々の細胞ごとに解析し、細胞運動・動態の定量化を支援します。

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フリームービング中のマウスの姿勢推定・行動解析

古典的な画像解析法では困難であったマウス・メダカといった動物の姿勢推定・行動解析をディープラーニングによって解決します。

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