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小藤累美子、長谷部光泰：「rbcLの塩基配列と裸子植物の系統」遺伝46: 24-29（1992） 裳華房
長谷部光泰：「シダから花への進化」科学63: 268-272 （1993）岩波書店
長谷部光泰、横山潤：「遺伝子からみたドクウツギ属植物の系統」遺伝 47:44-49（1993） 裳華房
長谷部光泰、佐野亮輔：「維管束植物の茎頂とホメオボックス遺伝子」植物形態学会報 ６:9-14 (1996) 日本植物形態学会
長谷部光泰、新道聡美、佐野亮輔、西山智明：「形態進化の解明にむけて」種生物学研究 20:1-10 (1996) 種生物学会
長谷部光泰：「花をつけないシダ植物で花の起源を探る」生命誌 4:4-9（1996）生命誌研究館
長谷部光泰；「形態形成遺伝子と進化」Pp.76-85大山莞爾、飯田滋、島本功監修、植物細胞工学シリーズ５「植物のゲノムサイエンス」（1996） 秀潤社
長谷部光泰：「植物の生殖器官の進化」遺伝 51:16-21（1997） 裳華房
長谷部光泰、伊藤元己（2000）：「生殖器官の進化とMADS遺伝子」Pp. 188-191 岡田清孝、町田泰則、松岡信監修、植物細胞工学シリーズ12「植物の形を決める分子機構」 秀潤社
長谷部光泰（2000）：「植物形態進化を引き起こした遺伝子進化」Pp.23-53 岩槻邦男、加藤雅啓編「多様性の植物学（２）」東京大学出版会
日渡祐二、西山智明、長谷部光泰（2000）：「ヒメツリガネゴケ-植物ホルモン、分化、そして進化-：総説」蘚苔類研究7：276-284.
横山潤、長谷部光泰（2001）：「分子データに基づくドクウツギ属の種間系統と生物地理-ドクウツギは南半球起源か？-」 日本植物分類学会会報, 70: 43-48.
西山智明、長谷部光泰（2001）：「遺伝子系統樹の構築法」Pp. 49-53 佐々木卓治、田畑哲之、島本功監修、植物細胞工学シリーズ14「植物のゲノム研究プロトコール」 秀潤社
長谷部光泰、日渡祐二、西山智明（2001）：「遺伝子ターゲティングの容易なヒメツリガネゴケ」Pp. 163-168 佐々木卓治、田畑哲之、島本功監修、植物細胞工学シリーズ14「植物のゲノム研究プロトコール」 秀潤社
長谷部光泰（2001) ：「発生進化の分子機構」蛋白質核酸酵素 46：1321-1323
長谷部光泰（2001) ：「MADSボックス遺伝子と植物の生殖器官の進化」蛋白質核酸酵素 46：1358-1366
和田正三、徳富哲、長谷あきら、長谷部光泰（監修）（2001）：植物細胞工学シリーズ16「植物の光センシング」Pp. 192 秀潤社
長谷部光泰（2002）：「DNAが語る植物の進化」プランタ 80: 23-29 研成社
長谷部光泰（2001-2003）：「かたちと遺伝子」遺伝 裳華房
長谷部光泰（2003）：「植物の茎葉はどのように進化したのか？−平行進化と収斂進化−」遺伝 57: 39-44
長谷部光泰（2003）：「カエデ」プランタ 90: 16-20 研成社
長谷部光泰（2003）：「モウセンゴケ科およびモウセンゴケ属の系統関係」 食虫植物研究会会誌 54: 1-9
長谷部光泰（2003）：「形の進化の謎」プランタ 92: 13-20 研成社
長谷部光泰（2003）：「ネブリナ山周辺の奇妙な植物」分類 4(1): 81-85.
長谷部光泰（2004）：「陸上植物のボディープランの進化」科学 74(10): 1227-1233.
長谷部光泰（2005）：「ヒメツリガネゴケ」蛋白質核酸酵素増刊「ゲノムから生命システムへ（小原雄治他編集）印刷中
長谷部光泰（2005）：「食虫植物は普通の植物からどう進化したのか」遺伝 59：32-37
長谷部光泰（2005）：「分類学、進化多様性生物学、そして発生進化学」学術月報 58: 387-388
長谷部光泰（2005）：「花の進化 発見物語」国立科学博物館ニュース第440号: 12-13.
福澤秀哉、長谷部光泰（2006）：「植物の比較ゲノム：緑藻とコケ植物のゲノムから植物の成り立ちを明らかにする」ゲノムから読み解く生命システムー比較ゲノムからのアプローチ第１１回 細胞工学
6月号
長谷部光泰（2006）：「進化多様性生物学の私的問題点」蛋白質核酸酵素 51: 1722-1724.
長谷部光泰（2008）:「どうしてヒメツリガネゴケのゲノムを解読することになったのか」Pp. 30-35 総研大ジャーナル No. 14 総合研究大学院大学
長谷部光泰（2008）:「植物の比較ゲノム解析からみえてきたもの」蛋白質核酸酵素 53: 1787-1793.
長谷部光泰、宮崎さおり、岡野陽介（2009）:「クロマチン修飾による発生遺伝子系の異時性進化」実験医学 27: 3069-3074
翻訳
長谷部光泰、鈴木武、植田邦彦監訳（2002）「維管束植物の形態と進化」文一総合出版 Pp. 643（原著：E.M. Gifford and A.S. Foster.
1988. Morphology and Evolution of Vascularr Plants. Freeman and Company, New
York）
著書
長谷部光泰（分担執筆）；「分子データからみた陸上植物の系統」Pp211-227 岡田博、植田邦彦、角野康郎編「植物の自然史」（1994）北海道大学図書刊行会
長谷部光泰（分担執筆）：「小石川植物園と分類学」Pp116-119 大場秀章編「日本植物研究の歴史 小石川植物園３００年の歩み」東京大学総合研究博物館
長谷部光泰（分担執筆）：「分子系統学のすすめ」岩槻邦男、馬渡峻輔編集「生物の種多様性」 pp88-101（1996） 裳華房
長谷部光泰（分担執筆）（1999）：「遺伝子で探る植物の形の進化」Pp. 58-66 「遺伝子で生物の進化を考える」クバプロ
長谷部光泰（分担執筆）（2000）：「植物形態進化を引き起こした遺伝子進化」Pp. 23-53 岩槻邦男・加藤雅啓編「多様性の植物学２ 植物の系統」東京大学出版会
長谷部光泰（分担執筆）（2001）：「系統樹の分かれ目で何がおきたか-“エボデボ”の誕生」AERA Mook 64-67 朝日新聞社
長谷部光泰（2002）：「発生と進化を結ぶヒメツリガネゴケ」岡田清孝ら編集「植物の形づくり」蛋白質核酸酵素47 (12): 1494-1499長谷部光泰（分担執筆）（2004）：「植物の発生と進化」佐藤矩行編「講座進化学：発生進化」159-194.
岩波書店
長谷部光泰、棚橋貴子（2005）：「陸上植物の体制進化を引き起こした遺伝子進化」蛋白質核酸酵素増刊「発生システムのダイナミクス（上野直人、八杉貞雄、野地澄晴編集）」756-761.
長谷部光泰（2006）：「ヒメツリガネゴケ」蛋白質核酸酵素別冊Vol.50.No.16小原雄治他編「ゲノムから生命システムへ」2237-2238
長谷部光泰（分担執筆）（2006）：「発生と進化（植物）」松本忠夫、西田治文、二河成男編「生物界の変遷」136-143．日本放送出版協会
清水健太郎、長谷部光泰（2007）監修：「植物の進化」秀潤社
長谷部光泰（2007）：「代表的な植物」Pp. 9-15. 清水健太郎、長谷部光泰監修 植物細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ２３ 「植物の進化：基本原理からモデル生物を活用した比較・進化ゲノム学まで」秀潤社
長谷部光泰（2007）：「植物の系統」Pp. 66-76. 清水健太郎、長谷部光泰監修 植物細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ２３ 「植物の進化：基本原理からモデル生物を活用した比較・進化ゲノム学まで」秀潤社
長谷部光泰、藤田知道、倉田哲也、佐藤良勝、久保稔、村田隆、青山剛士、三上浩司、石川雅樹、日渡祐二、青野直樹、篠原直貴、西山智明、棚橋貴子（2007）：「発生遺伝子の進化」Pp.
163-173. 清水健太郎、長谷部光泰監修 植物細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ２３ 「植物の進化：基本原理からモデル生物を活用した比較・進化ゲノム学まで」秀潤社
長谷部光泰（2007）：「陸上植物の発生遺伝子の進化と多様性」Pp. 139-145. 藤山秋佐夫監修 細胞工学別冊「比較ゲノム学から読み解く生命システム」秀潤社
倉田哲也、程朝陽、長谷部光泰（2008）：「エピジェネティック制御遺伝子の進化」Pp. 52-54. 島本功、飯田滋、角谷徹仁監修 植物細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ２４ 「植物のエピジェネティクス」秀潤社
長谷部光泰（2008）：「見えてきた！ 生命の謎 生物はどこからきてどこに行くのか」Pp. 49-77. 立花隆プログラムコーディネート 自然科学研究機構監修「見えてきた！宇宙の謎。生命の謎。脳の謎。」クバプロ
長谷部光泰（2008）：「ゲノム進化が生み出した動物と植物のちがい」Pp. 35-54. 立花隆プログラムコーディネート 自然科学研究機構監修「生物の生存戦略」クバプロ
倉田哲也、程朝陽、長谷部光泰（2008）「エピジェネティック制御遺伝子の進化」Pp. 52-54. 島本功、飯田滋、角谷徹仁監修、植物細胞工学シリーズ24「植物のエピジェネティクス」秀潤社
長谷部光泰（2009）：「ヒメツリガネゴケで植物の発生進化と幹細胞のダイナミズムを探る」Pp. 156-158. 吉川寛、堀寛編「研究をささえるモデル生物」化学同人
石井龍一、竹中明夫、土橋豊、岩槻邦男、矢原徹一、長谷部光泰、和田正三編（2009）「植物の百科事典」朝倉書店
長谷部光泰（2009）：「植物のかたち、総論」Pp. 156-158.「胞子・花粉」Pp. 187.「葉状体、前葉体」Pp. 190.「胚」Pp. 200.
「茎頂分裂組織」Pp. 201.「精子・精細胞」Pp. 194.「胞子嚢」Pp. 224.「葉序」Pp. 208-209.「全能性」Pp. 63-64.石井龍一、竹中明夫、土橋豊、岩槻邦男、矢原徹一、長谷部光泰、和田正三編（2009）「植物の百科事典」朝倉書店
長谷部光泰（2009）「植物生理学会と進化」Pp. 53-55. 日本植物生理学会運営委員会編「日本植物生理学会50年の流れ、これまでとこれから」日本植物生理学会