理論生物学領域

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ゲノム情報研究室

研究教育職員

内山 郁夫

助教 内山 郁夫

研究の概要

世界中で様々な生物のゲノム解読が進み、その比較から生物の進化プロセスを理解することへの期待が高まっている。一方、私たちの体内や身の回りをはじめ、あらゆる地球環境に無数に存在する微生物については、ゲノム解析を通じてその多様性の実体が明らかにされようとしている。当研究室では、主に微生物ゲノムを対象として、大量のゲノム情報を系統的に比較するシステムを確立し、情報学的見地からゲノムの多様性の実態と、それを生み出す原動力の解明を目指した研究を行っている。

研究室関連資料

参考文献

Uchiyama, I. (2008). Multiple genome alignment for identifying the core structure among moderately related microbial genomes. BMC Genomics, 9, 515

Uchiyama, I., Higuchi, T., and Kobayashi, I. (2006). CGAT: a comparative genome analysis tool for visualizing alignments in the analysis of complex evolutionary changes between closely related genomes. BMC Bioinformatics 7, 472.

Uchiyama, I. (2006). Hierarchical clustering algorithm for comprehensive orthologous-domain classification in multiple genomes. Nucleic Acids Res. 34, 647-658.

Takami, H., Takaki, Y., Chee, G-J., Nishi, S., Shimamura, S., Suzuki, H., Matsui, S., and Uchiyama, I. (2004). Thermoadaptation trait revealed by the genome sequence of thermophilic Geobacilllus kaustophilus. Nucleic Acids Res. 32, 6292-6303.

Uchiyama, I. (2003). MBGD: Microbial genome database for comparative analysis. Nucleic Acids Res. 31, 58-62.

連絡先

内山 郁夫 助教授 E-mail: uchiyama@nibb.ac.jp TEL: 0564-55-7629