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大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

研究部門・施設

生物機能情報分析室

研究教育職員

重信 秀治
教授
重信 秀治
SHIGENOBU, Shuji

研究の概要

生物機能情報分析室は、遺伝子・タンパク質解析の共同研究拠点として、基礎生物学研究所および生理学研究所の分析機器の管理・運用を行っている。超遠心機のような汎用機器から次世代 DNA シーケンサーのような先端機器に至るまで、70 種類 90 台にのぼる機器を備え、その多くは所外の研究者にも開放している。特に、機能ゲノミクスに力を入れており、次世代 DNA シーケンサーと質量分析装置を利用した共同利用研究を行っている。
 

1. ゲノミクス

超高速並列 DNA シーケンサーによる次世代 DNA シーケンシング技術の登場は、現代の生物学に革命的な変化をもたらしつつある。生物機能情報分析室では、GridION(オクスフォードナノポア社)、PacBio Sequel(パシフィックバイオサイエンス社)、NextSeq および MiSeq システム(イルミナ社)を運用し、ライブラリ調製やデータ解析のための設備も整備されている。共同利用研究の一環として「統合ゲノミクス共同利用研究」を毎年公募し、これらを用いた次世代ゲノム研究を所内外の研究者とともに推進している。また、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコースを年数回開催し、実験生物学者のバイオインフォマティクスのリテラシー向上にも貢献している。
 

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次世代 DNA シーケンサー

 

2. プロテオミクス・メタボロミクス

生物機能情報分析室では以下の2 台の質量分析装置と2 台のプロテインシーケンサーを保有し、プロテオーム解析のみならずメタボローム解析にも活用されている。
- 高分解能質量分析装置(Thermo Fisher Scientific Orbitrap Elite)
- LC-Q-TOF MS(AB SCIEX TripleTOF5600)
- プロテインシーケンサー(ABI Procise 494 HT / 492 cLC)
 

3. その他

分光光度計、化学発光・蛍光画像解析装置、セルソーター、リアルタイム PCR、高速液体クロマトグラフ、ガスクロマトグラフ、超高速遠心機など、充実した分析機器を備えている。
以下はリストのごく一部である。
主な機器:
セルソーター(SONY SH800); 汎用画像解析装置(GE FLA9000); レーザーマイクロダイセクションシステム(Arcturus XT); キャピラリーDNAシーケンサー(ABI 3130xl); リアルタイムPCR(ABI7500); デジタルPCR(QuantStudio 3D); 超遠心機(Beckman XL-80XP)

共同研究利用の募集

・本研究所の次世代シークエンサーを活用した基礎生物学研究を募集しています。
・新興モデル生物「アブラムシ」を用いた共同研究を募集します。

Webサイト

研究室関連資料

参考文献

Shigenobu, S. et al. (2010). Comprehensive survey of developmental genes in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: frequent lineage-specific duplications and losses of developmental genes. Insect Mol. Biol., 19 , 47- 62

The International Aphid Genomics Consortium. (2010). Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biol., 8(2):e1000313.

Shigenobu, S., Kitadate, Y., Noda, C. and Kobayashi, S. (2006). Molecular characterization of the embryonic gonads by gene expression profiling in Drosophila melanogaster. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 103, 13728-13733

Nakabachi, A., Shigenobu, S., Sakazume, N., Shiraki, T., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Ishikawa, H., Kudo, T. and Fukatsu, T. (2005). Transcriptome analysis of the aphid bacteriocyte, the symbiotic host cell that harbors an endocellular mutualistic bacterium, Buchnera. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 102, 5477-5482.

Shigenobu, S., Watanabe, H., Hattori, M., Sakaki, Y. and Ishikawa, H. (2000). Genomesequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp APS. Nature, 407, 81-86.

連絡先

重信 秀治 教授 E-mail: shige@nibb.ac.jp TEL: 0564-55-7670

写真

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