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LOTUS Base   オーフス大

Lotus Database かずさDNA研

Legume Base NBRP

RhizoBase かずさDNA研

Rhizophagus irregularis NIBB
   
           Photo: Niels Sandal
COUNTER23777

     Dr. Fang Xie  (上海生物学研究所)


     Jens Stougaard  (Aahus University)
お知らせ

・Gifu B-129 の高品質ゲノム配列情報の公開  

 <東北大・佐藤修正さんからのアナウンス>
 NBRPミヤコグサ・ダイズでは、ゲノム情報等整備プログラムのサポートを受けてPacBioシーケンサーを用いて解析を進めて
おりました実験系統 Gifu B-129 のゲノム配列情報をLegumeBaseから公開いたしました。

 LegumeBaseのトップページ (https://www.legumebase.brc.miyazaki-u.ac.jp/) の上部バナーのデータベースのメニューからGifu
系統
のゲノム配列データベースサイト(ミヤコグサゲノムDB)にアクセスいただけます。

 Gifu系統のゲノム配列は telomere-to-telomere (3番染色体のbottom armを除く)レベルに仕上がっております。(translocation
の影響で、MG-20のゲノムの1番染色体のtop領域がGifuゲノムでは2番染色体bottom領域に、MG-20のゲノムの2番染色体
bottom領域がGifuゲノムでは番染色体のtop領域になっていることにご留意ください)

 アノテーションについてもこれまで集積していた大量のGifu系統由来のRNA-seqデータを入れて行いましたので、alternative 

splicing formの予測や、UTR領域の予測もMG-20のLj_v3.0より改善されていると思います。


・沖縄県宮古島由来のミヤコグサMiyakojima MG-20の高品質ゲノムが中国・武漢の研究者によって報告されました。
    詳細はこちら


・ミヤコグサLORE1 insertion lines 40,000系統のリリースのお知らせ
URL  LORE1 Newsletter 


・LORE1 insertion lineがmiyakogusa.jpよりサーチできます。 

The Lotus japonicus Genome   ミヤコグサの分子遺伝地図やリソースの情報はこの本に出ています。

・マメ科植物はフラボノイドの豊富な供給源で、根粒菌との共生、病原菌や環境ストレスからの防御において重要な役割を
果たします。青木俊夫さんと共同研究者によるフラボノイド生合成が欠損した
viridicaulis (vic)変異体の論文がJournal of Plant 
Research誌に掲載されました。
オープンアクセス論文 
https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10265-021-01258-8

ミヤコグサを扱っている研究者
研究者の所属学会が異なるため交流の機会が限られていますが、知っている範囲でラボと研究テーマを示しました。
興味のあるラボがあれば、是非コンタクト取ってみてください。

オーフス大(デンマーク)Jens lab  Nodファクターシグナリングの分子遺伝解析に加え、最近ではGWAS解析を進めています。
ミュンヘン大(ドイツ)Martin lab アーバスキュラー共生研究の第一人者。共生シグナリング研究の中心的なラボです。
オタゴ大(ニュージーランド)Clive lab Mesorhizoium lotiの細胞外多糖やsymbiosis islandを中心に研究しています。
中国科学院華南植物院(中国)  呉 国江研 根の重力屈性や防御応答と共生の研究をしています。
上海生物学研究所 Fang lab 根粒菌の感染糸形成を介した侵入過程の分子機構を研究しています。
ケルン大(ドイツ)Bucher lab アーバスキュラー菌根共生の研究をしています。
チュビンゲン大(ドイツ) Katharina lab  microRNAによる共生制御機構の研究をしています。

鹿児島大 内海研 ヘモグロビンを介したNOシグナリングやNCRペプチドの作用機構を中心に研究しています。

宮崎大  明石研、橋口さん NBRPミヤコグサ・ダイズの中核機関。L. corniculatusからsuperrootを開発しています。

佐賀大  鈴木研 光質による根粒・菌根共生の制御やQTL解析、トライコーム形成の自然変異の研究しています。
姫路工大 峰雪研、山内先生 種子および子葉の表面構造の解析をしています。
甲南大  今井研 脂質分析の専門家。スフィンゴ脂質の機能解明に取り組んでいます。
関西学院大 武田研 根粒共生と
アーバスキュラー菌根共生の研究をしています。
大阪府大 秋山研 ストリゴラクトン研究の有名なラボ。ミヤコグサでの新規ストリゴラクトンLotuslactoneを発見しています。
大阪大  村中研 トリテルペノイドに関する研究をしています。

香川大  野村研、田島先生 C/N代謝やバクテロイド化、オルガネラ形成を中心に研究しています。
奈良女子大 佐伯研 M. lotiのIII型分泌装置を介したエフェクター機能や共生アイランドの転移機構の解析を行っています。
     若林さん 
2018に理系女性教育開発共同機構の教員として着任。GWAS解析による種分化機構の研究をしています。

京都大  矢崎研 根粒にとどまらず多種多様な植物トランスポーターの分子機能を研究しています。
京都大  瀬戸口研 花成を中心にゲノムワイドな種内分化機構の研究をしています。
龍谷大  浅水研 ネコブセンチュウの感染機構の研究をしています。
信州大  斉藤研 アーバスキュラー菌根共生の分子メカニズムとAM菌の非共生培養法を研究しています。
信州大  高梨研 高山に自生するマメ科植物と根粒菌の共生関係と進化を研究しています。
名古屋大 木下研井上さん 光による葉の運動の研究をしています。
愛知教育大 菅沼研 共生窒素固定の分子メカニズムを研究しています。
基生研  川口研 根粒共生
の分子機構とアーバスキュラー菌根菌の研究をしています。メタボロミクス解析を始めました。

日本大  明石研 フラボノイド生合成に関係する変異体の解析やNod factor誘導因子の研究をしています。
理研横浜 林 研 共生シグナリングを中心に、根粒の初期発生と感染制御機構の研究をしています。
法政大  佐野研 重金属耐性に関する研究をしています。
上智大  神澤研 就眠運動に関する研究をしています。
東京大  岩崎研、青木さん カナリア諸島の根粒細菌とゲノムワイドな分子系統学、共生遺伝子の進化の研究をしています。
千葉大・東京大  土松研、番場さん 野生ミヤコグサに共生している根粒細菌のゲノムワイドな進化研究をしています。
かずさDNA研 多様な植物・微生物のゲノム解読と分子育種を進めています。微生物叢のデータベースを構築しています。
     バイオインフォマティクスは平川さんが担当。
農研機構 今泉(安楽)、下田研 伝統あるラボ。共生シグナリングと分子育種の研究をしています。
理研BRC 実験植物開発室 ミヤコグサの培養細胞を配布しています。
筑波大  寿崎研 変動する窒素環境に応答した根粒共生の制御機構を研究しています。学術変革領域を推進する若手研究者です。

新潟大  岡本研 比較的新しいラボ。ミヤコグサに限らず根とシュートの遠距離シグナル伝達の研究をしています。
新潟大  岡崎研、深井さん 生殖とレトロトランスポゾンLORE1の活性化機構の研究をしています。
東北大  佐藤研 2020年6月に研究室を立ち上げました(共生ゲノミクス)。ミヤコグサの高精度ゲノム解読や越冬性など
     ゲノムワイドな環境適応機構の研究をしています。
岩手大  川原田研 比較的新しいラボ。根における病原菌感染と共生シグナリングの研究をしています。
酪農学園大  小八重研 2018年にスタートした新しいラボ。アーバスキュラー菌根菌感染ポテンシャル評価法を開発しています。
北海道大 江沢研 アーバスキュラー菌根菌によるポリリン酸蓄積の研究をしています。Rhizophagus clarusを系統化しています。

基生研 共生システム研究部門