技術支援員募集(至急)
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当研究室では技術支援員を募集しています。
関係者に周知していただけたら幸いです。詳細はこちら
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連絡先(Contact)
〒444-8585
愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
基礎生物学研究所内
アストロバイオロジーセンター 
藤田浩徳

メンバー
   e-mail
(@nibb.ac.jp)
 藤田浩徳 助教 hfujita
 石根直美 技術支援員 ishine
 江川あかね  技術支援員 a0321020


COUNTER49734

オンライン状況

オンラインユーザー1人
数理モデル勉強会

植物科学における数理モデル解析の現状を見ると、各研究者は基本的に独自に研究を進めており、研究者間の交流はそれほど活発に行われている訳ではありません。こうした中、数理解析研究のさらなる普及・発展のためには、研究者同士を結びつけるコミュニティー環境の構築が重要であると考えられます。そこで、数理モデルに関心のある研究者が、ウェットかドライか、初心者か経験者かに関係なく一同に集い、研究交流や情報交換を促進する場とすることを目的に数理モデル勉強会を立ち上げました。今後この勉強会は、植物学会、植物生理学会の関連集会として継続的に開催する予定です。


第4回数理モデル勉強会

NEW!!
勉強会に参加していただいた皆様、ありがとうございました。
もしよろしければ、感想や要望・コメント等何でも良いので、世話人にメールいただければ幸いです。
今後の参考にさせていただきます。
杉山 宗隆:sugiyama@ns.bg.s.u-tokyo.ac.jp
藤田 浩徳:hfujita@nibb.ac.jp
米倉 崇晃:yonekura.takaaki@bs.naist.jp


実習(米倉担当)に用いたスライドおよびプログラムコードを公開しています。
ご参考になさってください。
スライド(米倉)
プログラムコード


※補足
勉強会中に「RK4(4次ルンゲ・クッタ法)を使った方が良いのか?」という質問がありましたが、その補足説明をします。オイラー法はテイラー展開の1次までしか一致せず非常に計算精度が悪いので、教科書的には使用しない方が良いことになっています。それはその通りなのですが、実際には状況に依存しており、用いている系で十分な精度が得られるかどうかが
実際の判断基準になります。
例えば、今回のTuring patternの場合、定常状態に落ちていくタイプのシミュレーションなので、それほど計算精度は問題にならない場合が多いです。実際に、Turing patternのシミュレーションにおいて、オイラー法とRK4を作成して両者を比較してみたことがありますが、両者の結果にはほとんど差がありませんでした。それ以降、この種のシミュレーションにはもっぱらオイラー法を用いています。
ですので、もし心配ならば、実際に使用している系でオイラー法とRK4を作成して比較することをお勧めします。それらが実際に要求される計算精度を満たすのかを確認することをお勧めします。



数理モデル勉強会・講習会の進行予定
① イントロダクション
② 反応拡散モデルの紹介
③ 反応拡散モデルの原理
④ 1次元空間での実習(陽解法)
⑤ 2次元空間での実習(陽解法)
⑥ 2次元空間での実習(陰解法)
⑦ 締め


当日の 講習会で実際にシミュレーションを動かしてみたい方は、 zoomとブラウザを同時に使うことになりますので、 複数画面または複数端末をご用意いただくと便利かと思います(1台でzoomに参加しながらシミュレーションを行うことも可能です)。

講習会の事前の参加申し込みは不要ですが、zoomで行う都合上、どのくらい人が集まるのか予備的に把握したいと思っております。
既に参加を決めていらっしゃる方は、お手数ですが以下のgoogleフォームにご回答ください(1分で終わります)。
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeyMADah875GJwHRKIpkTj_J2E7Io1-3Zn5yWA1zHpbFfWf_g/viewform?usp=sf_link



2020年9月19日の植物学会において、関連集会・第4回数理モデル勉強会を開催する予定です。随時情報を更新する予定です


日時:9月19日(土)18:00〜20:00

内容:

本勉強会は,植物科学において数理モデルに関心のある研究者や学生が,ウェットかドライか,初心者か経験者かに関係なく一堂に集い,情報交換および親睦を深めることを目的としています.また本勉強会を通して,この研究分野のコミュニティーを構築することも目指しており,植物学会・植物生理学会の関連集会として継続的に開催しています.第4回の今回は,簡単な数理モデルのプログラミング・シミュレーションの講習会とし,Wolfram Programming Lab (Mathematica を無料で使えるオンライン言語環境)を用いて,反応拡散モデルのコードを実際に書き,動かしてみるところまで行う予定です.興味のある方は,ぜひお気軽にご参加下さい.


世話人(五十音順)
杉山 宗隆(東京大学)
sugiyama@ns.bg.s.u-tokyo.ac.jp
藤田 浩徳(アストロバイオロジーセンター ∕ 基礎生物学研究所)
hfujita@nibb.ac.jp
米倉 崇晃(
奈良先端科学技術大学院大学yonekura.takaaki@bs.naist.jp

第4回数理モデル勉強会(開催中止)

(植物生理学会年会は開催中止になりました。)
2020年3月の植物生理学会(大阪大学)において関連集会・第4回数理モデル勉強会を開催する予定です。随時情報を更新する予定です


日時:3月19日(木)18:30〜20:00
会場:大阪大学吹田キャンパス F会場(U2-213)

概要:

本勉強会は,植物科学において数理モデルに関心のある研究者や学生が,ウェットかドライか,初心者か経験者かに関係なく一同に集い,情報交換および親睦を深めることを目的としています。また本勉強会を通して,この研究分野のコミュニティーを構築することも目指しており,植物学会・植物生理学会の関連集会として継続的に開催しています。第4回の今回は,簡単な数理モデルのプログラミング・シミュレーションの講習会とし,Wolfram Programming LabMathematicaを無料で使えるオンライン言語環境https://lab.open.wolframcloud.com/objects/wpl/GetStarted.nb)を用いて,反応拡散モデルのコードを実際に書き,動かしてみるところまで行う予定です。興味のある方は,コンピュータ持参でお気軽にご参加下さい。なお,参加申し込みは不要ですが,お弁当を希望される方は世話人(藤田; hfujita@nibb.ac.jp)までご連絡下さい。


プログラム:
xx:xx プログラミング・シミュレーション講習会(藤田、米倉)

世話人(五十音順)
杉山 宗隆(東京大学)

藤田 浩徳(アストロバイオロジーセンター ∕ 基礎生物学研究所)
米倉 崇晃(東京大学)

関連集会・数理モデル勉強会についてのお願い

これまで植物学会、植物生理学会の関連集会として、数理モデル勉強会を3回ほど開催してきました。来年3月の植物生理学会で開催するかどうかを現在検討しております。もしご意見やリクエスト等ありましたら、何でも構いませんので藤田までご連絡いただければ幸いです。(一言コメント頂けるだけでも、モチベーションになるので大歓迎です。)よろしくお願いいたします。


第3回数理モデル勉強会(終了)

今年の9月の植物学会(仙台)において関連集会・第3回数理モデル勉強会を開催する予定です。

日時: 9月15日(日)、18:00~20:00
会場: 東北大学川内北キャンパス(仙台市青葉区川内41)D会場(B102)

概要:
本勉強会は、植物科学において数理モデルに関心のある研究者や学生が、ウェットかドライか、初心者か経験者かに関係なく一同に集い、情報交換および親睦を深めることを目的としています。第3回の今回は、数理モデル研究や実験データの定量化に用いられているプログラミング言語に関して、「どのように使い分ける?」「言語ごとの長所や短所は?」といった素朴な疑問にアプローチします。プログラミング言語を用いて研究している方々に、プログラミング言語の利用状況や実際の使用例をざっくばらんに話していただくとともに、自由な議論を通して研究者間の交流を深めることのできる機会となっております。参加申し込みは不要ですので、興味のある方はお気軽にご参加下さい。なお、夕食のお弁当をご希望の方は、事前に中田(miyuki-t-nakata@bs.naist.jp)までご連絡下さい。

演題(演者・敬称略):
1.中田 未友希(奈良先端大)「はじめに:今回のテーマ」
2.藤田 浩徳(アストロバイオ、基生研)「すぐに始められるMathematica」
3.北沢 美帆(大阪大)「突撃!理論生物学研究室 YOUはどうしてC言語?」
4.山崎 将太朗(奈良先端大)「もっと自由に解析や作図を!Pythonを使って発想を形にしよう」
5.米倉 崇晃(東京大)「C++は万能の武器、癖を掴んでものにする」
6.李 尚雨(理研)「研究に合う言語の選択:私の場合、C++とPythonの二刀流です」
7.総合討論
(進行:中田、米倉)

世話人(五十音順)
杉山 宗隆(東京大学大学院理学系研究科)
中田 未友希(
奈良先端科学技術大学院大学先端科学技術研究科
藤田 
浩徳(自然科学研究機構アストロバイオロジーセンター ∕ 基礎生物学研究所)
米倉 崇晃(東京大学大学院理学系研究科)

第2回数理モデル勉強会(終了)

● 第60回 日本植物生理学会 関連集会「第2回数理モデル勉強会」
2019313() 19:00~20:30(名古屋大学農学部講義棟1階・第5講義室)
世話人:藤田浩徳、杉山宗隆

開催概要:本勉強会は、植物科学において数理モデルに関心のある研究者や学生が、ウェットかドライか、初心者か経験者かに関係なく一同に集い、情報交換および親睦を深めることを目的としています。また本勉強会を通して、この研究分野でのコミュニティー構築を目指しており、今後学会の関連集会として継続的に開催する予定です。第2回の今回は、実験と数理の共同研究を行なわれている3人の方に、研究内容や共同研究にまつわる話題を、気軽な感じでお話ししていただく予定です。参加申し込みは不要ですので、興味のある方はお気軽にご参加下さい。なお、夕食のお弁当をご希望の方は、事前に(311日までに)世話人(藤田)までご連絡下さい。

プログラム:

19:00-19:05 世話人挨拶

19:05-19:30 小田祥久(遺伝研・新分野)

演題:実験・数理の共同研究で探る細胞壁パターンの形成機構

19:30-19:55 津川暁(理化学研究所)

演題:植物生理データから数理モデルを立ち上げる方法:実験と理論の融合研究に向けて

19:55-20:20 藤原基洋(大阪大学理学研究科)

演題:数理と実験を組み合わせた研究をしてきて気づいたことー数理研究者からの視点

20:20-20:30 総合討論


第1回数理モデル勉強会(終了)

● 第82回 日本植物学会 関連集会「第1回数理モデル勉強会」
2018914() 18:00~20:00(広島国際会議場
世話人:藤田浩徳、杉山宗隆

企画内容:

植物科学における数理モデル解析の現状を見ると、各研究者は基本的に独自に研究を進めており、研究者間の交流はそれほど活発に行われている訳ではありません。こうした中、数理解析研究のさらなる普及・発展のためには、研究者同士を結びつけるコミュニティー環境の構築が重要であると考えられます。そこで、数理モデルに関心のある研究者が、ウェットかドライか、初心者か経験者かに関係なく一同に集い、研究交流や情報交換を促進する場とすることを目的に本関連集会を企画しました。今後この数理モデル勉強会は、学会の関連集会として継続的に開催する予定です。第1回の今回は、世話人の一人である藤田が、最初に植物科学における数理モデル研究を概観して、本勉強会立ち上げの趣旨を説明した後に、参加者に自己紹介を兼ねて研究内容、研究計画、数理解析への興味等を気軽に話していただき、自由な議論を通して研究者間の交流を深めていただく予定です。