技術支援員募集

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連絡先(Contact)
〒444-8585
愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
基礎生物学研究所
アストロバイオロジーセンター 
藤田浩徳

COUNTER38882

オンライン状況

オンラインユーザー1人
植物数理モデリング(Plant Mathematical Modeling)研究室について


自然界は様々な時空間構造に満ちており、銀河系などの天文学的スケールから雪の結晶のような顕微鏡スケールまで、多様な時空間スケールが見出されます。このような時空間構造は、それらを構成する物質や作用する力は異なっているものの、すべて自己組織的な秩序創発により生み出されてきます。このような秩序の創発はとりわけ生物において顕著であり、生命は自己組織的な時空間パターンの宝庫です。本研究室では、そのような自己組織的パターンの形成・制御機構を、主に植物を研究対象として、数理的手法を用いることにより理解する事を目指しています。


また、秩序の創発は生命の本質であると同時に、その起源は生命の誕生まで遡ることができます。つまり、生命はその誕生および複雑化の過程において、様々な秩序創発現象を順次取り込んでいくことにより進化してきたと言えます。本研究室では、このような生命の誕生・複雑化の進化過程に関しても、秩序創発の観点から数理的手法を用いて理解したいと考えています。


本研究室はアストロバイオロジーセンターのサテライトとして基礎生物学研究所内に設置され、研究所と密接に連携をとりつつ研究を進めていきます。主に数理的手法を用いていますが、基礎生物学研究所の利点を活かした高度な生物学実験も可能となっています。本研究室に興味のある方、もしくは共同研究を希望される方は、ご相談のみでも構いませんので藤田(までお気軽にご連絡下さい。


植物発生の数理関連研究室

日本で植物発生の数理解析に関わっている研究室・研究者を紹介しています。
他にご存知の方がいればご連絡下さい。


東京大   杉山研  葉序パターン
東京学芸大 岩元研  根端成長の細胞動力学
東京理科大 諸橋研  トライコーム形成の遺伝子制御ネットワーク

理研    津川さん 物理出身で、植物発生関係で様々な共同研究をされています

遺伝研   小田研  木部道管の二次細胞壁パターン
基生研   川出研  葉の発生と拡散現象
基生研   藤田

京都大   望月研  遺伝子制御および代謝ネットワーク理論
立命館大  和田研  物理の視点から生物の形の理解を独創的に展開
大阪大   藤本研  花の器官数、花の対称性
九州大   佐竹研  開花時期予測モデル
九州大   三浦研  ジグソーパズル状表皮細胞
熊本大   中益さん 葉のブランチパターン


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お知らせ(終了)

 第60回 日本植物生理学会(名古屋大学)でポスター発表します。NEW!!
PF-176 窒素栄養による根系制御の数理モデル解析とその実験的検証

藤田浩徳,栂根美佳,川口正代司(2019313() 17:00~19:00)

窒素栄養によるsystemic制御が、どのようにして適応的に形成・進化してきたのかを、数理モデルにより議論します。さらに、モデルによる予測を実験的に検証しました。
(藤田は18:20以降抜けますので、ご質問はそれまでにお願いします。)

お知らせ(終了)

 ● 第60回 日本植物生理学会 関連集会「第2回数理モデル勉強会」
2019313() 19:00~20:30(名古屋大学農学部講義棟1階・第5講義室)
世話人:藤田浩徳、杉山宗隆

開催概要:本勉強会は、植物科学において数理モデルに関心のある研究者や学生が、ウェットかドライか、初心者か経験者かに関係なく一同に集い、情報交換および親睦を深めることを目的としています。また本勉強会を通して、この研究分野でのコミュニティー構築を目指しており、今後学会の関連集会として継続的に開催する予定です。第2回の今回は、実験と数理の共同研究を行なわれている3人の方に、研究内容や共同研究にまつわる話題を、気軽な感じでお話ししていただく予定です。参加申し込みは不要ですので、興味のある方はお気軽にご参加下さい。なお、夕食のお弁当をご希望の方は、事前に(311日までに)世話人(藤田)までご連絡下さい。

プログラム:

19:00-19:05 世話人挨拶

19:05-19:30 小田祥久(遺伝研・新分野)

演題:実験・数理の共同研究で探る細胞壁パターンの形成機構

19:30-19:55 津川暁(理化学研究所)

演題:植物生理データから数理モデルを立ち上げる方法:実験と理論の融合研究に向けて

19:55-20:20 藤原基洋(大阪大学理学研究科)

演題:数理と実験を組み合わせた研究をしてきて気づいたことー数理研究者からの視点

20:20-20:30 総合討論


お願い
今年の9月の植物学会(仙台)でも数理モデル勉強会を開催する予定です。今のところ数理関係の講習会を考えていますが、詳細は
まだ決まっていません。もし何かご希望やご要望等ありましたら、世話人までご連絡お願いします。

論文情報


Spatial regularity control of phyllotaxispattern generated by the mutual interaction between auxin and PIN1
.
Fujita H, Kawaguchi M. 
PLoS Comput. Biol. 2018; 14
e1006065.
 ● 日本語解説

生物は時として驚くほど美しく秩序だった空間構造を作り出すことがあります。その代表的な例として植物の葉序が挙げられます。葉序は茎の周りの規則性を持った葉の配置様式のことであり、美しい幾何学的模様を生み出すことが広く知られています。この規則的パターンは、植物ホルモンのAuxinとその膜輸送タンパク質PIN1がお互いに制御し合うことにより形成されることが明らかにされています。しかしながら、その制御機構の多くの部分は未だ解明されていません。今回、AuxinPIN1輸送体の相互制御に基づいた数理モデルを解析することにより、細胞外領域の存在が規則的パターンに対して破滅的な影響を与える一方で、そのような条件下においても拡散性分子を仮定することによって規則的パターンが再現できることを明らかにしました。これらの理論的結果は、葉序パターン形成に必須であるものの、未だ発見されていない拡散性因子が存在する事を予言するものです。


お知らせ

このホームページへのご意見、ご要望、情報提供や編集希望など歓迎します。
管理者(藤田浩徳:)までご連絡下さい。

2012. 9.16    植物学会シンポジウム「形態形成への数理的アプローチ」
2011. 6. 8     ホームページ公開
2010.11.4     ホームページたちあげ
2010. 9. 9    
植物学会関連集会「数理モデル解析勉強会」
2010.3.20     植物生理学会シンポジウム「数理モデルを通して植物を理解する」