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2010,07,20, Tuesday
author : Hiroyo NISHIDE
http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/
DFCIに移ったそうです
| BioInformatics::Other |
06:11 PM |
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2010,06,23, Wednesday
author : Hiroyo NISHIDE
"MEME currently does not support Open MPI" とつれない MEME ですが、
OpenMPI でちゃんと動きました。
% ./configure --with-mpidir=/openmpi_root_path
で、コンパイル＆インストール
SGEのスクリプトはこう書きます
#!/bin/sh
#$ -pe mpi_pe 8
meme data_set meme_option -p 8
インストールガイドに、
Once mpicc and qsub are located by configure, the parallel version of MEME,
called meme_p is compiled and installed automatically via commands make and make install.
とあるので、思わず meme_p と書いてしまいそうですがこれは間違いで
meme_p は meme から自動で呼ばれ、気にしなくていいもののようです。
the -p <np> argument causes a version of MEME compiled for a parallel CPU architecture to be run. (By placing <np> in quotes you may pass installation specific switches to the 'mpirun' command. The number of processors to run on must be the first argument following -p).
とあり、コンパイルうまくいってれば mpirun を書く必要もないということでした〜
| BioInformatics::Software |
09:09 AM |
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2010,06,07, Monday
author : Hiroyo NISHIDE
MrBayes を64bit版、MPI対応でインストール。
% less Makefile
ARCHITECTURE = unix
MPI = yes
OPTFLAGS = -O3
ここいらでバッチをゲット
http://technical.bestgrid.org/index.php/Bioinformatics_applications_at_University_of_Canterbury_HPC
% setenv OBJECT_MODE 64
% make _64BIT=yes
/usr/bin/ld: cannot find -lncurses
この場合、-l に続くパッケージ（nucurses）のライブラリがないので、
yum で（探してから）インストール
% yum search ncurses
% yum install ncurses-devel.x86_64
エラーはなくなりインストール完了しました
| BioInformatics::Software |
01:32 PM |
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2010,04,20, Tuesday
author : Hiroyo NISHIDE
シェルのソートコマンド、
n番目のフィールドでソート：+n
オプションが使えなくなったんですねー
代わりに -k オプションで指定してやるらしいです。
sort -r -t" " +1
↓
sort -r -t" " -k 1
" On older systems, `sort' supports an obsolete origin-zero syntax
`+POS1 [-POS2]' for specifying sort keys. POSIX 1003.1-2001 (*note
Standards conformance::) does not allow this; use `-k' instead. "
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11:41 AM |
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2010,03,26, Friday
author : Hiroyo NISHIDE
マシンを引っ越して Heap を CPANからインストールしたら
Heap::Elen で上記のエラー
Not an ARRAY reference at foo/Heap/Elem.pm line 31
どうもバージョン0.80のバグ（？）で本家CPANのバグレポートにこうあります
In version 0.80, Heap::Elem appears to be implemented as a
blessed array instead of a blessed hash. This means it is no
longer possible to make an object heapable as described in the
"Inheriting" section of Heap::Elem's POD.
えーっと、今までハッシュ型をblessしてたのを配列でやらないと
とのことですが、手元のプログラムで Heap::Elen の該当箇所を呼んでるのは Heap::Fibonacci で、これを書き直すの？？
昔のマシンでは動いていたはずなので、他のマシンを探しまわって Heap0.7.1 を入手。
perl_lib_dir/Heap071/
に入れておいて、呼び出しは下記で
use Heap071::Fibonacci;
うーん でも他に代替品ないのかな
| Programing::perl |
03:29 PM |
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