2009,04,23, Thursday
In-Silico PCR 用ソフト isPcr を OSX にインストール
UCSCのJimKentにメールしてソースの在処を教えていただく。
これのコマンドライン版
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start
ホームに解凍、README のとおり作業を進める。
Jimのソフトは基本、ホーム/bin/$MACHTYPE に入る（気がする）
% echo $MACHTYPE
i386
% mkdir ~/bin/i386
% mkdir ~/lib/i386
% make
（略）
ld warning: in ../../lib/i386/jkOwnLib.a, file is not of required architecture
ld warning: in ../../lib/i386/jkweb.a, file is not of required architecture
Undefined symbols:
"_gfPcrOutputFreeList", referenced from:
_main in gfPcr.o
（略）
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [gfPcr] Error 1
あまり驚かないが・・・
「要求されてるライブラリのファイルじゃないですよー」って
その下のエラーは全部そこに入ってるやつじゃん！
かなり悩みましたが、
「gcc はi386だと思ってないらしい」ということに突然気付く
% gcc
i686-apple-darwin9-gcc-4.2.1: no input files
もしや・・・
% setenv MACHTYPE i686
% mkdir ~/bin/i686
% mkdir ~/lib/i686
% make
成功！！！
これのコマンドライン版
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start
ホームに解凍、README のとおり作業を進める。
Jimのソフトは基本、ホーム/bin/$MACHTYPE に入る（気がする）
% echo $MACHTYPE
i386
% mkdir ~/bin/i386
% mkdir ~/lib/i386
% make
（略）
ld warning: in ../../lib/i386/jkOwnLib.a, file is not of required architecture
ld warning: in ../../lib/i386/jkweb.a, file is not of required architecture
Undefined symbols:
"_gfPcrOutputFreeList", referenced from:
_main in gfPcr.o
（略）
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [gfPcr] Error 1
あまり驚かないが・・・
「要求されてるライブラリのファイルじゃないですよー」って
その下のエラーは全部そこに入ってるやつじゃん！
かなり悩みましたが、
「gcc はi386だと思ってないらしい」ということに突然気付く
% gcc
i686-apple-darwin9-gcc-4.2.1: no input files
もしや・・・
% setenv MACHTYPE i686
% mkdir ~/bin/i686
% mkdir ~/lib/i686
% make
成功！！！
| BioInformatics::Software | 02:04 PM | comments (0) | trackback (x) |
finkで入るglibはバージョン1みたいなので、