NEWEST / < NEXT   BACK >

SOAPの結果ファイルをELAND風に書き換え

perlスクリプトです。
ヒットが一カ所のものしか拾いません。
実行時、SOAP結果を引数に付けて下さい。
標準出力に結果を書き出すので、リダイレクトでファイルにするなりしてください。

例:
%soap2eland.pl test.soap.out > test.eland.out

#!/usr/bin/perl
while(<>) {
split;
if ($_[3] == 1) {
print "$_[0]¥t$_[1]¥t";
print "U0¥t";
print "1¥t0¥t0¥t";
print "$_[7]¥t";
print "$_[8]¥t";
$dir = $_[6] eq '+' ? 'F' : 'R';
print "$dir¥t";
print "¥.¥t¥n";
}
}


| BioInformatics::Software | 01:22 PM | comments (0) | trackback (x) |

コメント

コメントする








NEWEST / PAGE TOP / < NEXT   BACK >


ARCHIVES

<前月 2010年09月 次月>
      1 2 3 4
5 6 7 8 9 10 11
12 13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 23 24 25
26 27 28 29 30   

CATEGORIES

OTHER