2009,10,21, Wednesday
author : Hiroyo NISHIDE
プロセス生成機能がなく、mpirun を使わないといけないMPICHと、
RとsnowとRmpiとPBSとの連携
snowは普通にインストールする。
Rmpi インストール時、RmpiがMPIシステムを探しているのですが、その順番が
OpenMPI → LAM → MPICH or MPICH2
なので、戯れに違うMPIが入ってたりすると何だかわけのわからないことに。
（補足：MPICHを探す場所は、 /usr/lib/mpi or /usr/lib/mpich 他は知らん）
続き▽
| BioInformatics::Utilities |
05:08 PM |
comments (0) |
trackback (x) |
2008,01,25, Friday
author : Hiroyo NISHIDE
テーブルができたのでデータを入れます。
http://archive.geneontology.org/latest-lite/ から、
go_20080120-termdb-tables.tar.gz
を取ってきて解凍（日付やDBの種類は任意に読み替え、今回はtermのみ）。
ここにもテーブルスキーマがありますね。
% mysqlimport -u username -L GO "./go_20080120-termdb-tables/*.txt"
mysqlimport: Error: You have an error in yout SQL syntax; check the manual that correnponds to your MySQL server version for the right syntax to use near '*' at line 1, when using table: *
うーむ
しょうがないのでcsh で
% foreach i (./go_20080120-termdb-tables/*.txt)
foreach? mysqlimport -u username -L GO $i
foreach? end
完成
| BioInformatics::Utilities |
11:24 AM |
comments (0) |
trackback (x) |
2008,01,24, Thursday
author : Hiroyo NISHIDE
XMLパーサ面倒、GOにはMySQL DB構築ツールが用意されてて使ってみる。
MySQL ver. 4.1.16 （古！）
ダウンロード： http://archive.geneontology.org/latest-termdb/ から、
go_daily-schema-mysql.sql.gz
を取って来て解凍、MySQLに「GO」というデータベースを用意。
テーブル定義（go_daily-schema-mysql.sql）を読み込んでテーブル作成、
% mysql -u username -p -e "source ./go_daily-schema-mysql.sql" GO
ERROR 1170 at line 374 in file: 'go_daily-schema-mysql.sql' : BLOB/TEXT column 'term_synonym' used in key specification without a key length
えぇー・・・・・・
「テキストのカラムは長さ指定しないとキーとして使えないよ」ということらしいので、
go_daily-schema-mysql.sql を書き換え。
421行目 UNIQUE (term_id, term_synonym(996))
530行目 CREATE INDEX ts2 on term_synonym(term_synonym(996));
531行目 CREATE INDEX ts3 on term_synonym(term_id, term_synonym(996));
長さはterm_synonymの定義から取ったけどこれでいいんかな。
エラーは出なくなり、すべてのテーブルが作成されました。
続きます。
| BioInformatics::Utilities |
01:50 PM |
comments (0) |
trackback (x) |