2010,06,23, Wednesday
MEME + OpenMPI + GridEngine (SGE)
"MEME currently does not support Open MPI" とつれない MEME ですが、
OpenMPI でちゃんと動きました。
% ./configure --with-mpidir=/openmpi_root_path
で、コンパイル＆インストール
SGEのスクリプトはこう書きます
#!/bin/sh
#$ -pe mpi_pe 8
meme data_set meme_option -p 8
インストールガイドに、
とあるので、思わず meme_p と書いてしまいそうですがこれは間違いで
meme_p は meme から自動で呼ばれ、気にしなくていいもののようです。
とあり、コンパイルうまくいってれば mpirun を書く必要もないということでした〜
OpenMPI でちゃんと動きました。
% ./configure --with-mpidir=/openmpi_root_path
で、コンパイル＆インストール
SGEのスクリプトはこう書きます
#!/bin/sh
#$ -pe mpi_pe 8
meme data_set meme_option -p 8
インストールガイドに、
Once mpicc and qsub are located by configure, the parallel version of MEME,
called meme_p is compiled and installed automatically via commands make and make install.
とあるので、思わず meme_p と書いてしまいそうですがこれは間違いで
meme_p は meme から自動で呼ばれ、気にしなくていいもののようです。
the -p <np> argument causes a version of MEME compiled for a parallel CPU architecture to be run. (By placing <np> in quotes you may pass installation specific switches to the 'mpirun' command. The number of processors to run on must be the first argument following -p).
とあり、コンパイルうまくいってれば mpirun を書く必要もないということでした〜
| BioInformatics::Software | 09:09 AM | comments (0) | trackback (x) |