Hiroyo’s Outbox http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/ ja http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/index.php?e=38TIGR が消えてた・・・http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/DFCIに移ったそうですhttp://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/

DFCIに移ったそうです]]>BioInformatics::Other2010-07-20T18:11:12+09:00Hiroyo NISHIDEBlognPlusHiroyo NISHIDE http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/index.php?e=37MEME + OpenMPI + GridEngine (SGE)"MEME currently does not support Open MPI" とつれない MEME ですが、OpenMPI でちゃんと動きました。 % ./configure --with-mpidir=/openmpi_root_pathで、コンパイル＆インストールSGEのスクリプトはこう書きます　#!/bin/sh　#$ -pe mpi_pe 8　　meme data_set meme_option -p 8インストールガ"MEME currently does not support Open MPI" とつれない MEME ですが、
OpenMPI でちゃんと動きました。

% ./configure --with-mpidir=/openmpi_root_path

で、コンパイル＆インストール
SGEのスクリプトはこう書きます

　#!/bin/sh
　#$ -pe mpi_pe 8
　
　meme data_set meme_option -p 8

インストールガイドに、
Once mpicc and qsub are located by configure, the parallel version of MEME,
called meme_p is compiled and installed automatically via commands make and make install.

とあるので、思わず meme_p と書いてしまいそうですがこれは間違いで
meme_p は meme から自動で呼ばれ、気にしなくていいもののようです。
the -p argument causes a version of MEME compiled for a parallel CPU architecture to be run. (By placing in quotes you may pass installation specific switches to the 'mpirun' command. The number of processors to run on must be the first argument following -p).

とあり、コンパイルうまくいってれば mpirun を書く必要もないということでした〜]]>BioInformatics::Software2010-06-23T09:09:12+09:00Hiroyo NISHIDEBlognPlusHiroyo NISHIDE http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/index.php?e=36MrBayes インストールで /usr/bin/ld: cannot find エラーMrBayes を64bit版、MPI対応でインストール。　% less Makefile 　　ARCHITECTURE = unix 　　MPI = yes　　OPTFLAGS = -O3ここいらでバッチをゲットhttp://technical.bestgrid.org/index.php/Bioinformatics_applications_at_University_of_Canterbury_HPC　% setenv OBJECT_MODE 64　% make _64BIT=yes<MrBayes を64bit版、MPI対応でインストール。

　% less Makefile

　　ARCHITECTURE = unix
　　MPI = yes
　　OPTFLAGS = -O3

ここいらでバッチをゲット
http://technical.bestgrid.org/index.php/Bioinformatics_applications_at_University_of_Canterbury_HPC

　% setenv OBJECT_MODE 64
　% make _64BIT=yes

　　/usr/bin/ld: cannot find -lncurses

この場合、-l に続くパッケージ（nucurses）のライブラリがないので、
yum で（探してから）インストール

　% yum search ncurses

　% yum install ncurses-devel.x86_64

エラーはなくなりインストール完了しました]]>BioInformatics::Software2010-06-07T13:32:15+09:00Hiroyo NISHIDEBlognPlusHiroyo NISHIDE http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/index.php?e=35sort: open failed: +1: No such file or directoryシェルのソートコマンド、n番目のフィールドでソート：+n オプションが使えなくなったんですねー代わりに　-k オプションで指定してやるらしいです。 sort -r -t" " +1　 ↓ sort -r -t" " -k 1" On older systems, `sort' supports an obsolete origin-zero syntax`+POS1 [-POS2]' forシェルのソートコマンド、
n番目のフィールドでソート：+n
オプションが使えなくなったんですねー

代わりに　-k オプションで指定してやるらしいです。

sort -r -t" " +1
　 ↓
sort -r -t" " -k 1

" On older systems, `sort' supports an obsolete origin-zero syntax
`+POS1 [-POS2]' for specifying sort keys. POSIX 1003.1-2001 (*note
Standards conformance::) does not allow this; use `-k' instead. "
]]>Other2010-04-20T11:41:27+09:00Hiroyo NISHIDEBlognPlusHiroyo NISHIDE http://www.nibb.ac.jp/hiroyo/index.php?e=34Not an ARRAY reference at foo/perl5/Heap/Elem.pm line 31マシンを引っ越して Heap を CPANからインストールしたらHeap::Elen で上記のエラー Not an ARRAY reference at foo/Heap/Elem.pm line 31どうもバージョン0.80のバグ（？）で本家CPANのバグレポートにこうありますIn version 0.80, Heap::Elem appears to be implemented as a blessed array instead of a blessed hash. This means it is no longer マシンを引っ越して Heap を CPANからインストールしたら
Heap::Elen で上記のエラー

Not an ARRAY reference at foo/Heap/Elem.pm line 31

どうもバージョン0.80のバグ（？）で本家CPANのバグレポートにこうあります
In version 0.80, Heap::Elem appears to be implemented as a
blessed array instead of a blessed hash. This means it is no
longer possible to make an object heapable as described in the
"Inheriting" section of Heap::Elem's POD.

えーっと、今までハッシュ型をblessしてたのを配列でやらないと
とのことですが、手元のプログラムで Heap::Elen の該当箇所を呼んでるのは Heap::Fibonacci で、これを書き直すの？？

昔のマシンでは動いていたはずなので、他のマシンを探しまわって Heap0.7.1 を入手。

　perl_lib_dir/Heap071/

に入れておいて、呼び出しは下記で

　use Heap071::Fibonacci;

うーん　でも他に代替品ないのかな]]>Programing::perl2010-03-26T15:29:21+09:00Hiroyo NISHIDEBlognPlusHiroyo NISHIDE