2010,03,09, Tuesday
phrap以外のソフトで作られたACEファイルをconsedで開く
% consed -nophd -ace foo.ace
| BioInformatics::Software | 10:20 AM | comments (0) | trackback (x) |
2010,02,15, Monday
MATLAB PCT が JobManager を見つけられない
Parallel Computing Toolbox から、Distributed Computing Server の JobManager に接続できない T T
MATLAB/Parallel から MDCS JobManager を設定し、
「Start Validation」をポチッとすると Test Stage - Find Resource でいきなりエラー
該当場所のコードはこんなの
sched = findResource('jobmanager','LookupURL','foo.nibb.ac.jp')
続き▽
| BioInformatics::Software | 01:58 PM | comments (0) | trackback (x) |
2010,02,15, Monday
postgresql + ruby
ruby 1.8.5 で postgresql 8.1 接続
ライブラリは全てgem でインストール、
（gem のインストールと使い方は他のページを見て下さい）
それぞれのバージョン（一番上のbioruby は今回の記事に関係ありません）
$ gem list --local
*** LOCAL GEMS ***
bioruby (0.6.4)
dbi (0.4.3)
deprecated (2.0.1)
ruby-pg (0.7.9.2008.01.28)
この状態で何をどうやっても
/.../gems/dbi-0.4.3/lib/dbi/types.rb:121:in `create': undefined method `new!' for DateTime:Class (NoMethodError)
のエラー・・・ T T
rubyのバージョンが古くて、DateTimeも古いのかも・・・
しかし！ こんなページを発見
http://github.com/erikh/ruby-dbi/commit/88e6f2e851f85328b032f3cadb30649aa0860fac
じゃあ戻せばいいんじゃーん てことで
types.rb を書換え（つまり上記のパッチ前に戻す）
続き▽
ライブラリは全てgem でインストール、
（gem のインストールと使い方は他のページを見て下さい）
それぞれのバージョン（一番上のbioruby は今回の記事に関係ありません）
$ gem list --local
*** LOCAL GEMS ***
bioruby (0.6.4)
dbi (0.4.3)
deprecated (2.0.1)
ruby-pg (0.7.9.2008.01.28)
この状態で何をどうやっても
/.../gems/dbi-0.4.3/lib/dbi/types.rb:121:in `create': undefined method `new!' for DateTime:Class (NoMethodError)
のエラー・・・ T T
rubyのバージョンが古くて、DateTimeも古いのかも・・・
しかし！ こんなページを発見
http://github.com/erikh/ruby-dbi/commit/88e6f2e851f85328b032f3cadb30649aa0860fac
じゃあ戻せばいいんじゃーん てことで
types.rb を書換え（つまり上記のパッチ前に戻す）
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| Web | 11:56 AM | comments (0) | trackback (x) |
2009,12,24, Thursday
OSX10.6 に GD.pm をインストール
OSX10.6 Snow loepard にしたら、perl のバージョンも 5.10.0 になってしまい、
「GD.pm がないよ」
とか言われるはめに T T
ほいじゃ httpd.conf で今までの GD.pm を参照するように
SetEnv PERLLIB="/usr/local/lib/perl5/site_perl/5.8.7/i386"
とでも書けばいいんでないかい？ と思いましたがやはり動かず・・・
で、CPAN で GD.pm をインストールしようとするも、なぜかエラー
Note (probably harmless): No library found for -lgd
ってそこで止まったら harmless じゃないじゃん・・・
しょうがないのでGDライブラリから入れ直し。
% ./configure --with-fontconfig=/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk/usr/X11 --with-png=/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk/usr/X11 --disable-shared --disable-rpath
% make
% sudo make install
その後
cpan> install GD
で無事解決
「GD.pm がないよ」
とか言われるはめに T T
ほいじゃ httpd.conf で今までの GD.pm を参照するように
SetEnv PERLLIB="/usr/local/lib/perl5/site_perl/5.8.7/i386"
とでも書けばいいんでないかい？ と思いましたがやはり動かず・・・
で、CPAN で GD.pm をインストールしようとするも、なぜかエラー
Note (probably harmless): No library found for -lgd
ってそこで止まったら harmless じゃないじゃん・・・
しょうがないのでGDライブラリから入れ直し。
% ./configure --with-fontconfig=/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk/usr/X11 --with-png=/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk/usr/X11 --disable-shared --disable-rpath
% make
% sudo make install
その後
cpan> install GD
で無事解決
| Web | 05:58 PM | comments (0) | trackback (x) |
2009,10,21, Wednesday
Rで並列処理 snow Rmpi MPICH PBS
プロセス生成機能がなく、mpirun を使わないといけないMPICHと、
RとsnowとRmpiとPBSとの連携
snowは普通にインストールする。
Rmpi インストール時、RmpiがMPIシステムを探しているのですが、その順番が
OpenMPI → LAM → MPICH or MPICH2
なので、戯れに違うMPIが入ってたりすると何だかわけのわからないことに。
（補足：MPICHを探す場所は、 /usr/lib/mpi or /usr/lib/mpich 他は知らん）
続き▽
RとsnowとRmpiとPBSとの連携
snowは普通にインストールする。
Rmpi インストール時、RmpiがMPIシステムを探しているのですが、その順番が
OpenMPI → LAM → MPICH or MPICH2
なので、戯れに違うMPIが入ってたりすると何だかわけのわからないことに。
（補足：MPICHを探す場所は、 /usr/lib/mpi or /usr/lib/mpich 他は知らん）
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| BioInformatics::Utilities | 05:08 PM | comments (0) | trackback (x) |