トレーニングコース

開催リスト

NIBB-Princeton Joint Proteomics Training Course
- Protein Identification, Quantification and Characterization -

Organizers Dr. Ileana Cristea (Princeton Univ), 上野 直人, 重信 秀治 (基礎生物学研究所)
Venue 基礎生物学研究所 明大寺地区
Date JUly, 19-21, 2017
Link ウェブサイト (http://www.nibb.ac.jp/proteomics_course/)

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プロテオミクスは生命科学研究に欠かせない手法のひとつになっています。ですが、一連の分子生物学的な実験技術に加えて、質量分析やバイオインフォマティクスまで総合的に学ぶ機会はほとんどありません。そこで、3日間で質量分析によるプロテオミクスを習得する、というキャッチフレーズを掲げた本コースが開催されました。募集人数16名のところ、国内外から28名の応募があり、選考を経て最終的には学生・研究員・技術支援員・大学教員などの17名に参加して頂きました。基生研スタッフはコース運営に加えて、タンパク質試料を調製し、質量分析装置にかけてデータを得るまでの実験指導を行いました。四班に分かれた受講生の全グループが無事に自分たちのデータを取得できたので、スタッフ一同ほっとしました。また、プリンストン大学からのスタッフとして来日して下さったIleana Cristea教授には、質量分析の基礎から最先端の知見や、プロテオミクスを用いてどのような課題に挑戦できるのかという実践的な部分まで講義して頂きました。同行して下さったTodd Greco博士からは、得られた質量分析データをどのように解読するのか、膨大なタンパク質データをどう解析するのかといった、バイオインフォマティクスの基礎~実際に使うソフトウェアの説明まで、講義と実習を組み合わせた形で説明して頂きました。コース終盤には、ぜひ共同利用研究として基生研でプロテオミクスを行いたい、という声が受講者から聞こえ始めていました。これは、本コースで、プロテオミクスに取り組み研究を発展させる具体的なイメージを持ってもらえたからだと思います。基生研の存在感がますます高まったはずです。

(川出 健介)


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受講者17名 (応募28名)
 

Program

 

Day1: July 19 (Wed)

 

8:30 - 9:00

Registration

 

9:00 - 9:05

Opening remarks by Dr. Yamamoto
(NIBB Director-general)

 

9:05 - 11:00

Course lecture 1 by Dr. Cristea
Introduction to Mass Spectrometry and Proteomics

 

 

(Coffee)

 

11:00 - 12:00

Tutorial 1 by Dr. Greco
Manual interpretation on MS/MS Spectra

[Hands-on in class]

 

 

(Lunch)

 

13:00 - 17:00

Hands-on in facility by NIBB instructors

Guidance

SDS-PAGE staining and imaging

Gel band excision and dehydration

In-gel digestion

 

18:00 --

Reception dinner

 

 

                                                                 

Day2: July 20 (Thu)

 

9:00 - 11:00

Course lecture 2 by Dr. Cristea
Protein quantification

 

 

(Coffee)

 

11:00 - 12:00

Tutorial 2 by Dr. Greco
Quantification: introduction to software

 

 

(Lunch)

 

13:00 - 14:00

Scientific lecture by Dr. Cristea

Research in the Cristea lab at Princeton

 

14:00 - 14:10

group photo

 

 

(Coffee)

 

14:30 - 17:00

Hands-on in facility by NIBB instructors

Peptide extraction

LC/MS/MS analysis

Demonstration of Mass Spectrometer (Orbitrap Elite)

 

 

Day3: July 21 (Fri)

 

9:00 - 11:00

Course lecture 3 by Dr. Cristea
Protein interactions

 

 

(Coffee)

 

11:00 - 12:00

Course lecture 4 by Dr. Greco
Protein posttranslational modifications

 

 

(Lunch)

 

13:00 - 16:00

Tutorial 3 by Dr. Greco
Hands-on data analysis

 

 

(Coffee)

 

16:15 - 16:50

Summary

 

16:50 - 17:00

Closing remarks by Dr. Ueno