大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

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ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門 - NGSの基礎からde novo 解析まで」

Organizers 重信 秀治、内山 郁夫(基礎生物学研究所)
Venue 基礎生物学研究所 明大寺地区
Date Feb. 22-23, Mar. 8-9, 2018
Link ウェブサイト (http://www.nibb.ac.jp/gitc/2018-1st/)

 生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
 本コースは、準備編と実践編の2つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。準備編では、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。実践編では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。 

Program

「準備編 : UNIX・R・NGSの基本」  2018年2月22日(木)10:00~ 23日(金)17:30
    UNIX基礎
    R入門
    NGSデータ解析入門
    テキスト処理
    シェルスクリプト
    演習

「実践編 : RNA-seq解析パイプライン」  2018年3月8日(木) 10:00~ 9日(金)17:30
    RNA-seq入門 概論
    NGS基本データフォーマット
    NGS基本ツール:Bowtie2、samtools、IGVなど
    統計学入門
    RNA-seq基礎、ゲノムベース、トランスクリプトベース
    多変量解析
    実践演習
    まとめ