大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

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生物画像データ解析トレーニングコース 2018

Organizers 代表:加藤輝(ExCELLS/NIBB)
小山宏史、村田隆、 亀井保博(NIBB)
野中茂紀(ExCELLS/NIBB)
Venue 基礎生物学研究所
Date Dec. 4-6, 2018
Link ウェブサイト (https://bioimageanalysis.jp/biatc2018/index.html)

 近年,顕微鏡やカメラの性能向上に伴い,多次元かつ大容量の画像データが得られるようになってきていますが,多くの生物学研究者にとって画像解析は難しい技法のひとつであると見做されている傾向があります.これは,顕微鏡の原理ならびに基礎的な画像工学に触れることでその障壁を引き下げることが可能となります.

 また,生物学研究者と画像工学研究者との共同研究も近年盛んですが,画像工学研究者側は自身の研究テーマとして「新しい画像解析技法の開発」に関心を払うのに対し,生物学研究者側は生物学的問題の解決を目的とし,技術の先進性を必ずしも要求しない点において,両者の目的が相反することがしばしば見受けられます.

 そこで,本トレーニングコースでは,実際に顕微鏡等の画像を扱っているが,その処理・解析については比較的初心者である生物学系の研究者の方々を対象に,「簡易な画像処理・解析は自分で遂行できるようになる」「技術的に高度な問題について専門家に適切な相談ができる基礎を体得する」ことを目指します.

Program
12 月 4 日(火)
12:00 – 13:00 受付(基生研正面玄関付近)
13:00 – 13:10 はじめに(加藤)
 講習のねらいについて説明,講師陣の紹介.
13:10 – 13:40 クイックスタート #1(野中)
 いくつかの実例を使い実際に ImageJ による画像処理を実演します.
13:40 – 14:10 クイックスタート #2 (村田)
 顕微観察画像のデジタル化についての講義
14:10 – 14:30 コーヒーブレイク
14:30 – 18:30 画像処理・解析の基礎 講義・実習(加藤)
 ・画像の基礎(畳み込み演算,カーネルの畳み込みの意味)
 ・前処理の基礎(カーネル処理(線形),非線形フィルタ(メジアン,バイラテラル))
 ・定量化(2値化(自動閾値(大津の方法)),ラベリング,面積,数などの決定)
18:30 – 20:30 懇親会:受講者の自己紹介(基生研 地下室)


12 月 5 日(水)
09:00 – 12:00 ImageJ マクロ講義・実習(野中)
 マクロとは何か,そしてマクロの使い方,書き方について講義と実習を行います
12:00 – 13:00 昼休み
13:00 – 19:00 画像の定量化について 講義・実習(加藤,小山)
 定量的生物画像解析について実践的な演習を行います,現在のところ以下の題目を予定しています
 1.Intensityの定量
 2.動きの定量
 3.数の定量
 4.形の定量
 5.画像の特性(模様など)の定量

19:00 –  各自夕食


12 月 6 日(木)
09:00 – 10:00 講義「画像解析のための顕微鏡の基礎知識」(村田)
 画像を処理する以前の段階である顕微鏡画像取得の時点で気をつけねばならないことについて講義します
10:00 – 10:30 講義「顕微鏡概論」(亀井)
 先進の顕微観察技法について基礎生物学研究所にて共同利用可能な顕微鏡を中心に俯瞰します
10:30 – 10:45 休憩
10:45 – 12:00 基生研顕微鏡見学会(亀井)または復習
12:00 – 13:00 昼食
13:00 – 15:00 ディスカッション
 各受講者の抱えている課題を取り上げ,皆で議論します(講師全員)
15:00 解散