哺乳類の初期胚は調節性に富み、着床を経るなど特徴的な発生様式をとりますが、その基盤は胚内の細胞の挙動が細胞間の相互作用により胚全体で統制されることにあります。したがってその過程の理解には、胚を時間的・空間的に連続した｢細胞コミュニティー｣として捉え、現象を総体として理解することが必要となります。

本領域では学問分野を超えたアプローチにより、将来の体軸などに関する情報がどのように生じ、胚の形に具現化されるか、また胚の中での細胞や遺伝子群の動的挙動を理解し、個々の細胞の持つ極性などの要素が、時間的・空間的にどのように組み合わされることにより胚を作るかを明らかにします。